Tras casi un siglo de demora desde el impulso fundador hasta su terminación, este convento de clarisas sólo sirvió a esta orden nueve años. Con las guerras de Restauración pasó a convento de San Juan de Dios para la cura de enfermos y hospital militar.
Convento de S. Juan de Dios o de la Concepción El convento de Nuestra Señora de la Concepción fue fundado originalmente como convento de Clarisas, por iniciativa de Leonor Velha, quien hizo su primera e importante donación. Su construcción, que sufrió diversos avatares, se demoró casi un siglo (1556-1631). Sin embargo, la situación de guerra del siglo XVII y la necesidad de proteger mejor a Olivenza hicieron que parte de las tierras del convento fueran ocupadas por la muralla, quedando el propio edificio ceñido por uno de los baluartes. Así, la primera comunidad franciscana de clarisas tuvo que abandonarlo a los nueve años. Fue ocupado a continuación por los monjes hospitalarios de San Juan de Dios, para cuidado de los soldados heridos, siendo por ello conocido actualmente por convento de San Juan de Dios. Fue hospital militar hasta 1969 en que Olivenza dejó de ser plaza militar. Sirvió después como cuartel de carabineros y de la Guardia Civil, pasando más tarde a una situación de postración y ruina, hasta ser recuperado por la Escuela Taller. A partir de entonces sirvió como Escuela de Teatro y Danza de Extremadura. En la actualidad es centro de recepción de visitantes del destino turístico Tierras del Gran Lago de Alqueva. Su capilla fue recuperada por la obra cultural de Caja Badajoz y sirve como sala de congresos y conciertos. Tiene interés su fachada de cal blanca, donde destacan los vanos superiores, correspondientes a las celdas, y los inferiores con jambas de pizarra. La portada neoclásica de la capilla, en mármol, presenta columnas dóricas romanas. Sobre las columnas se reproduce un entablamento con friso de triglifos y metopas. Sobre éste un frontón partido para colocar en su centro la corona real sobre las armas de Portugal, flanqueadas por la esfera armilar, a la izquierda, y las armas de Olivenza, a la derecha. Sobre la puerta se abre el ventanal del coro y, rematando la fachada un frontón en triángulo en cuyo centro destaca un ojo de buey ovalado y en su borde superior acaba en acroteras y volutasSu planta es única y rectangular con altar mayor y cuatro altares laterales, en su cabecera, y coro alto a sus pies. La bóveda es de cañón. En los laterales del altar mayor se han recuperado frescos alusivos a algunos miembros de la orden hospitalaria de San Juan de Dios. El altar mayor es de tipo camarín, como en el resto de templos de Olivenza, hecho en material de obra que imita el mármol. Este altar se remata con un arco de medio punto que reproduce en su parte superior el escudo de Portugal. El camarín presenta también pinturas de motivos vegetales.
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